Είναι από τις πιο συχνές γυναικολογικές παθήσεις και παρουσιάζεται σε ποσοστό 7 έως 10 τοις εκατό σε γυναίκες που είναι σε παραγωγική ηλικία. Μπορεί να διαγνωστεί τυχαία σε μια γυναικολογική εξέταση ή να παραμείνει αδιάγνωστη αν δεν έχει συμπτώματα.
Η ενδομητρίωση παίρνει το όνομα της από το ενδομήτριο, που είναι ο ιστός (βλεννογόνος) που επικαλύπτει εσωτερικά τη μήτρα, και κατά τη διάρκεια της περιόδου παράγει και αυτή μικρές ποσότητες αίματος όπως και η μήτρα. Ο επιπλέον ιστός που δημιουργείται αιμορραγεί, όμως δεν υπάρχει έξοδος διαφυγής για αυτόν τον ιστό και το αίμα, όπως γίνεται με την έμμηνο ρύση.
Γι’ αυτό τον λόγο, οι εστίες της ενδομητρίωσης τείνουν να γίνονται μεγαλύτερες και τα συμπτώματα χειροτερεύουν με τον καιρό. Ο ιστός και το αίμα που παραμένουν στα διάφορα σημεία του σώματος δημιουργούν φλεγμονή και πόνο. Καθώς ο έκτοπος ιστός μεγαλώνει μπορεί να καλύψει τις ωοθήκες και τις σάλπιγγες δημιουργώντας υπογονιμότητα.
Η ενδομητρίωση μπορεί να αναπτυχθεί και σε διάφορα άλλα όργανα ή δομές του σώματος.